Nathan est un écolier tout à fait ordinaire. Alors qu'il se promène dans les collines près de chez lui, il découvre Whisper, un yôkai très bavard. Ce drôle de personnage lui offre une yo-kai watch, une montre qui lui permet de révéler la présence des yôkai autour de lui. Nathan va s'en servir pour convaincre les yôkai de devenir ses amis et utiliser leurs pouvoirs pour faire le bien. Le voilà embarqué dans une aventure extraordinaire !