Iron Man et son meilleur ami James Rhodes Machine de guerre répondent à une attaque terroriste. Le responsable, Ezekiel Stane, tue Rhodey, mais Iron Man est accusé. Celui-ci doit alors s'enfuir pour blanchir son nom. Mais c'est sans compter sur Stane et sa nouvelle biotechnologie, qui aurait le pouvoir de détruire l'armure d'Iron Man.