Une nouvelle fois confronté à une attaque du Kaiju n° 9, Kafka ne parvient pas à se transformer. Rejoint par Kikoru, qui l'aide à faire face aux stratagèmes de l'ennemi, il finit par réaliser qu'une peur inconsciente le retient... Au même moment, une nouvelle menace surgit devant le commandant Narumi. Le n° 9 serait-il capable d'évoluer en cours de combat ?!