Suivez les aventures de la chasseuse de primes Samus Aran tandis qu'elle tente de s'échapper d'une planète mortelle hantée par une menace mécanique. L'histoire de Samus continue après les événements de Metroid Fusion tandis qu'elle se rend sur la planète ZDR pour enquêter sur une mystérieuse transmission envoyée à la Fédération galactique.