Samus Aran, la plus grande chasseuse de primes de la galaxie, doit faire appel à ses nouvelles capacités psychiques pour explorer la mystérieuse planète Viewros et s'en échapper. Scannez les statues et les ruines que vous rencontrez pour trouver des indices et avancer, et développez de nouvelles capacités psychiques à mesure que vous en apprenez plus sur les Lamorn, une ancienne civilisation qui peuplait autrefois Viewros.