Incarnez Naoe, une shinobi rusée, et utilisez la lumière, le son et les ombres pour éviter de vous faire repérer. Infiltrez des forteresses ennemies grâce aux nombreuses options de course libre, notamment le nouveau grappin, distrayez les gardes avec vos shurikens ou des bombes fumigènes, et assassinez vos cibles avec votre lame secrète. Dans la peau du samouraï Yasuke, réalisez des éliminations silencieuses à l'arc ou déchaînez des combos dévastateurs au katana ou à la naginata.