Au large d'Hawaï, l'US Navy déploie toute sa puissance. Mais bientôt, une forme étrange et menaçante émerge à la surface des eaux, suivie par des dizaines d'autres dotées d'une puissance de destruction inimaginable. Qui sont-ils ? Que faisaient-ils, cachés depuis si longtemps au fond de l'océan ? A bord de l'USS John Paul Jones, le jeune officier Hopper, l'amiral Shane, le sous-officier Raikes vont découvrir que l'océan n'est pas toujours aussi pacifique qu'il y paraît. La bataille pour sauver notre planète débute en mer...