Des dizaines de bombes à azote ont été placées dans les mers et les océans du monde entier par un groupe mystérieux. Après l'échec de l'équipe opérationnelle de déminage américaine, c'est au tour de celle du Japon de passer à l'action. C'est Machiko Machida, un prodige en désamorçage de bombe, et son inséparable partenaire Nagito Aranagi, qui sont chargés de désamorcer la première. Malheureusement, la situation ne se passe pas comme prévue, et le commandant de l'équipe opérationnelle de déminage japonaise décide de changer de stratégie…