Une dame, qui tient la barre d'un voilier, devise avec son petit-fils et lui raconte les secrets de la mer. Ruka, une jeune fille, rencontre Umi, un jeune garçon doté de dons aquatiques surnaturelles qui disparaît dans les eaux du port de Tokyo. Elle le retrouve quelques jours plus tard dans un aquarium géant où travaille le père de Ruka, un océanographe. Mais Umi n'est plus seul.