Treize ans avant que Thomas entre dans le Labyrinthe, une éruption solaire a frappé la Terre. Mark et Trina ont survécu à la catastrophe. Mais cette terrible épreuve n'est rien comparée à ce qui les attend. Une étrange épidémie se répand aux Etats-Unis, elle frappe de folie les individus qu'elle atteint. Pire, elle met en danger jusqu'à l'existence de la race humaine ! Convaincus qu'il existe un moyen de sauver les malades, Mark et Trina sont bien décidés à le trouver... s'ils parviennent à rester en vie. Dans ce monde dévasté, certains préfèrent tuer, pour que personne ne découvre la vérité.