Nagi et Machi se sont promis de « nettoyer le monde ». Afin de tenir parole, Nagi part désamorcer la deuxième bombe à azote avec Yuzu et Kuro. Mais à l'instant où ils pénètrent dans la zone située au centre du gigantesque sous-marin contenant la bombe, c'est la stupéfaction… L'équipe se retrouve face à une maquette taille réelle du quartier général de l'Équipe opérationnelle de déminage japonaise.