Neko prend la décision de désamorcer la troisième bombe à azote à la place de Nagi qui a survécu, tant bien que mal, à la deuxième mission. Cela dit, son choix n'est pas guidée par un sentiment de justice, elle est uniquement motivée par sa promesse faite à une jeune fille et par la présence de Misaki.Au même moment, une mystérieuse équipe de trois personnes fait son entrée dans le bureau du Commandant Kaiba…