Après la disparition mystérieuse de Harry Goodman, un détective privé, son fils Tim va tenter de découvrir ce qui s'est passé. Le détective Pikachu, ancien partenaire de Harry, participe alors à l'enquête. A la recherche d'indices dans les rues peuplées de Ryme - métropole moderne et tentaculaire où humains et Pokémon vivent côte à côte - ils rencontrent plusieurs personnages Pokémon et découvrent alors un complot choquant qui pourrait bien détruire cette coexistence pacifique et menacer l'ensemble de leur univers.